知名建筑設計師森谷帝二這日邀請新一參加在他府上舉辦的茶會，柯南只得電話拜托小蘭?？履?、小蘭及毛利小五郎三人未入森府，已被絕對對稱的宏偉建筑吸引。衣香鬢影的茶會上，森谷帝二令人詫異地大聲攻擊年輕設計師，講建筑的美學準則要被他們破壞殆盡?？履显谝?guī)定時間內將他出給眾賓客的難題破解，被獲準和小蘭一起參觀陳有他設計圖的展覽館，交談中，他感慨30多歲初成名時的作品不夠對稱稱不上完美，并從小蘭口中打探到她要與新一在米花大樓約會為新一慶生的諸多細節(jié)。
　　不久，柯南連接數通向新一挑戰(zhàn)的電話，對方均告知他已在某地放置會在某時爆炸的炸彈，柯南將危機一一化解后，開始與警方、毛利一起分析到底是何人所為。電視報道其中最為轟動的爆炸案時，柯南由畫面聯想到所有炸彈放置的地點附近均有森谷帝二自認不完美的作品，心中一驚。眾人拜訪森谷帝二時，柯南暗中將他的宅邸查看，找出兇犯正是他的證據，原來他是狂熱的完美主義者，想親手毀掉年輕時因妥協(xié)設計出的不絕對對稱作品，并借機報復沒令他的宏偉設計夙愿在西多摩市達成的新一。被抓一刻，森谷帝二的冷笑令柯南醒悟：米花大樓亦是他不完美的作品，小蘭正在那里等新一赴約。

　　目暮警官、小蘭的母親妃英里、阿笠博士接連遭到不明身份之人的暗算。柯南追蹤傷害阿笠博士的兇手，他根據幾起案件現場留下的線索發(fā)現兇手按照撲克牌的順序行兇，而且遇害者皆與毛利小五郎有關。目暮提供的線索初步揭開事情的真相，原來毛利當年任職警察的時候曾經逮捕犯下殺人罪的賭徒村上丈，當年也更因這一事件導致毛利離職以及婚姻變故。
　　十年后，服刑期滿的村上丈出獄，開始按照撲克牌的順序向毛利身邊之人展開報復。在得知原委后，毛利努力尋找身邊與數字有關的人。在這一過程中，各種驚險場面接連出現。而柯南也對案件的真相產生疑惑……

　　小蘭的朋友原子家鈴木財團準備展出他們家珍藏的沙皇尼古拉二世家的寶物——回憶之卵，回憶之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍貴照片，由此特別珍貴。豈料在展出之前，卻收到了怪盜基德的通知函，上面用迷語的方式列明他盜寶的時間。原子找到小蘭的爸爸名偵探毛利小五郎幫忙，當然，真正的幕后高手柯南也會和小蘭一起前來?？履嫌龅搅送瑸閭商降姆科酱?，兩人決定一起聯手解開怪盜基德之謎！

　　柯南在街頭目睹一名正打電話的警察在雨中被射殺，忙將兇手追蹤，但兇手逃脫。死者閉眼一刻緊抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南從目暮警官口中了解到緊抓左胸是暗示那里有警察手冊。不久又有警察手拿警察手冊被人射殺于地下車庫。對于這兩起案件，目暮警官等人一反常態(tài)不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心進一步追問，白鳥警官只答一句“Need not to know”。該話是警察之間所用的密語，意味這兩起殺人事件與警察內部人士有關。
　　柯南、小蘭等人參加白鳥妹妹的婚宴，電突然間停掉，那刻小蘭正與女警佐藤在洗手間。小蘭拿起身邊的手電筒欲照明時，一顆子彈射進佐藤身體，小蘭嚇昏過去。次日小蘭醒來，卻因怪責自己害佐藤挨槍失去記憶。目暮見事態(tài)越來越嚴重，將秘密說出，原來死去的兩名警察正與佐藤一起重查一樁有關醫(yī)生仁野自殺的案件，該案涉及到警察局長的公子。將局長公子假定為嫌疑人之一時，柯南亦想到佐藤被射殺后宴會上少掉的兩個人。

　　這日柯南、小蘭一行人來到米花市市政大廳，一場有關最新游戲“繭”的發(fā)布會正在這里召開。由于迥異于以往任何一款游戲的“繭”可能一舉改變全球游戲業(yè)界的價值觀，發(fā)布會吸引了代表日本上流社會的政治、財經、演藝界人士，50名游戲體驗者也多是他們的后代，新一的父親、推理小說大師工藤優(yōu)作由于參與故事編寫，也來到現場。這邊熱熱鬧鬧，游戲的研發(fā)者兼負責人堅村卻被殺于地下室。堅村死前留在鍵盤J、T、R上的血跡令柯南想到答案可能在游戲中，他利用優(yōu)作的關系加入了體驗者隊伍，小蘭、灰原哀等人也拿到了體驗入場券。
　　50名體驗者剛分別進入一個外型酷似蠶繭的“大型膠囊”，游戲即被自稱“諾亞方舟”的人工智能控制，“諾亞方舟”稱游戲將提供5個完全真實的歷史場景，體驗者可選擇其中之一進入，被淘汰會進入休眠狀態(tài)，若最后無人走到終點，他們的大腦組織皆會被摧毀，此舉是為令日本社會重生。柯南一行及幾個驕橫無禮的上流社會公子哥進入的是19世紀倫敦的貝克街，那里殺人犯開膛手杰克正在興風作浪，他身上正有柯南要找的答案！而優(yōu)作也在現實中正對案件展開調查。

　　東京、大阪、京都相繼發(fā)生殺人事件，5名死者皆是被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方介入調查，發(fā)現死者都是出沒于3地專門偷竊有名的佛像及美術品的偷盜集團“源氏螢”成員。該集團共有成員8名，以義經的家臣名字互相稱呼，且都持有一本《義經記》，被害5人手中的《義經記》均被拿走。
　　這日京都古寺山能寺收到奇怪書信，說若能解開信中所附的畫謎，便能找到8年前被竊的如來佛像?？履?、小蘭隨毛利小五郎來到該寺，均對畫謎一籌莫展。5名被殺者之一曾對與新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也來到京都對案件秘密展開調查，并借機找尋自己的初戀情人。柯南與服部相遇聯手調查時，發(fā)現有人想置服部于死地，緊接“源氏螢”另一成員被害，而這一切，似乎又都與畫謎有關。

　　知名舞臺劇女演員牧樹里這日收到怪盜基德的預告信：在26個字母的盤旋飛舞中，他來拜領無價的“命運的寶石”。毛利小五郎受到牧樹里委托將信件分析，認為基德將在演出最后一晚前來盜取寶石，當晚他及柯南、小蘭等人來到劇場，那里早有諸多警察守候。
　　令柯南吃驚的是，基德竟扮成工藤新一出現在眾人面前，但他及眾人方向不同的緊張過后，寶石并沒被盜，柯南醒悟字母預告信與航班相關。而柯南、小蘭、牧樹里及其同事搭乘的前往北海道的飛機上，尚有一起殺人計劃正被精心設計。

　　日本著名造船公司八代商船設計制造了旗下第一艘豪華郵輪愛芙羅黛諦號，為慶祝該郵輪的處女航，八代商船邀請各界名流參加，上到首相下到富豪悉數前來。鈴木園子的父母也接到邀請，因行程安排鈴木夫婦無法出席，園子于是邀請、毛利小五郎、小蘭、柯南等一眾好友同行。藍天白云，美酒佳肴，眾人無不陶醉于這美好的假期之中。
　　但是，這注定是一次不尋常的航行。先是園子突然遭人綁架，接著八代商船的女社長貴江被人殺害，與此同時董事長八代延太郎也從船上神秘失蹤。此前不久，貴江的丈夫八代英人駕車時突發(fā)心臟病沖下山崖。這一連串死亡、失蹤案件似乎都與15年前八代商船的沉船事故有關。在層層推理調查之下，隱藏的秘密漸漸浮出水面……

　　一天毛利小五郎收到一張請?zhí)锩媸侵i樣男子的委托，需要前往橫濱的一個游樂場。小五郎和柯南一行人快樂地到達歡樂的游樂場，還帶上了可以出入無阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有帶上手表的人不得離開游樂場，否則便會發(fā)生爆炸。從現在開始到晚上十點，柯南和小五郎如果不能解開謎題，蘭和少年偵探團也會隨著游樂園粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接稱呼柯南為工藤新一。

　　弗洛瑞恩（托拜西·宣克 Tobias Schenke 飾）是一個正處在青春期的男孩，一天，他的那話兒竟然開口說話了，那話兒說自己非常的孤獨，希望弗洛瑞恩能夠幫助他。從這一天起，弗洛瑞恩便終日生活在自己那話兒的騷擾之下，苦不堪言，沒有人能夠理解弗洛瑞恩的痛苦，除了他的死黨紅牛（阿克塞爾·施泰因 Axel Stein 飾），紅牛覺得擁有一根會說話的小弟弟，實在是太酷了！
　　歐妮是全校最性感的美女，一天，她竟然向弗洛瑞恩發(fā)出了邀請，請他來自己家里做客，這可樂壞了弗洛瑞恩的那話兒。為了讓那話兒有一次完美的體驗，弗洛瑞恩和紅牛開始惡補起各種性知識來。

　　講述了十幾歲的索菲說服JJ陪同她參加學校旅行，在這次旅行中，他們兩人最終成為國際恐怖分子陰謀的棋子，目標是中央情報局局長大衛(wèi)·金和他的兒子科林——他是索菲最好的朋友。