小智（松本莉香 配音）來自真新鎮(zhèn)，他的目標(biāo)是要成為神奇寶貝頂級訓(xùn)練師。在即將展開訓(xùn)練師旅程的一天，因為遲到，他并沒有拿到初始的小精靈。大木博士（石冢運(yùn)昇 配音）見狀，便送了一只不愿進(jìn)精靈球和非常調(diào)皮的皮卡丘給這位失落的年輕人。于是，他們倆便踏上了精靈寶可夢的旅程。
　　在旅途中，他們的之間的隔閡逐漸打破，并認(rèn)識了同行的伙伴誠子（佐藤刊里 配音）與宗次（本鄉(xiāng)奏多 配音），并聽到了有關(guān)鳳王的傳說。“受到虹色之羽的引導(dǎo)，見到鳳王的人，就會成為彩虹勇士...”
　　本部劇場版是《神奇寶貝》動畫系列的第二十部電影。該部電影的劇情是系列動畫第一集《神奇寶貝！就決定是你了！》的改編，描述小智與皮卡丘踏上成為寶可夢大師的冒險之旅。