14年前，初號機(jī)疑似神化第一形態(tài)的覺醒帶來近三沖擊，使世界發(fā)生前所未有的巨變。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宮村優(yōu)子 配音）和真里（坂本真綾 配音）奪回被封印在衛(wèi)星軌道上的初號機(jī)和碇真嗣（緒方惠美 配音），但絕對禁止真嗣登上初號機(jī)。感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗（林原惠美 配音）登上突然入侵的九號機(jī)，返回了千瘡百孔的NERV總部。在這里，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那里得知自己將和美少年渚薰（石田彰 配音）共同駕駛十三號機(jī)。長達(dá)14年的空白，期間的滄桑巨變和情感糾葛讓真嗣不知所措。而看似溫柔的渚薰為他揭開了種種難以置信的真相……
　　本片為EVA新劇場版四部曲的第三部。

在邪神加坦杰厄和迪迦奧特曼的決戰(zhàn)結(jié)束后，人類世界迎來了長達(dá)兩年的和平歲月。這一日，入間隊(duì)長隨同GUTS考古隊(duì)來到位于南太平洋的遠(yuǎn)古遺跡露露耶，他們再次發(fā)現(xiàn)了業(yè)已毀滅的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 飾）、達(dá)拉姆（松田優(yōu) 飾）及女領(lǐng)袖卡美拉（芳本美代子 飾）。入間極力反對對古跡的觸動(dòng)，但絲毫無法改變上層的決定，最終導(dǎo)致三尊邪神復(fù)活，人類再度面臨危機(jī)。與此同時(shí)，圓·大古（長野博 飾）與柳瀨·蕾娜（吉本多香美 飾）相知相守，即將步入婚禮的殿堂?？墒切吧裰笓]其爪牙向人類世界發(fā)起進(jìn)攻，早已喪失奧特曼力量的大古，面對當(dāng)前的危機(jī)束手無策。

清末民初亂世中，土匪雷虎欲洗劫龍門鎮(zhèn)。龍威鏢局總鏢頭龍一條帶領(lǐng)全鎮(zhèn)鄉(xiāng)民反抗。龍一條先邀請各路高手除掉雷虎，均未得手。龍一條決定犧牲自己與雷虎同歸于盡。但此舉卻練成家傳的霹靂神拳，將雷虎擊殺匡扶了正義   

三十歲出頭的叢林（任素汐 飾）如何也想不到，與哥哥叢來（李晨 飾）的又一次戈壁“尋人之旅”，會被一場沙暴推向生命絕境。