影片《雙馬尾女戰(zhàn)士》講述了城市中接連有少女失蹤，這一切的幕后黑手是邪惡組織黑山組。三個(gè)情感中存在瓜葛且社會(huì)身份各異的女孩被一個(gè)神秘人選中，擁有了各自的超能力，走上了對(duì)抗黑山組的道路。

　　畢基、畢仁兄弟二人由于誤闖時(shí)空隧道，一下子被送回到一千年前的北宋，包括梁山好漢一百單八將在內(nèi)的宋朝風(fēng)云人物一一展現(xiàn)在眼前。二人貪玩任性，樂(lè)不思蜀。一天，畢基誤踏女尸，好心將女尸下葬，因而遇上女鬼小倩。小倩生前被西門慶所害，但西門慶有佛像護(hù)身，小倩未能一雪此仇。
　　梁山鬧鬼，村民人心惶惶。基、仁寄居于武大郎家中，與武松結(jié)成好友。后二人巧遇宋江、魯智深及燕青一干梁山好漢，使用現(xiàn)代科技使眾人誤會(huì)基仁為武林高手。梁山鬧鬼原屬西門慶與黃婆所玩的戲法，為方便西門慶與潘金蓮幽會(huì)，黃婆充當(dāng)圣姑呃神騙鬼，并從中謀利。宋江藉詞調(diào)查鬧鬼之事，其實(shí)要尋回昔日初戀情人金蓮。潘金蓮要與西門慶分手，重投宋江懷抱。西門慶向宋江要求分手費(fèi)，宋江頓起殺機(jī)。此時(shí)武大郎過(guò)量服食畢仁之搖頭丸，毒發(fā)身亡。武松盛怒下錯(cuò)手殺死金蓮，并往獅子樓找西門慶報(bào)仇，畢基、畢仁趕往相助。

　　畢基于酒吧撿到一包毒品，適時(shí)警察出現(xiàn)，基被指販毒，后被判入獄。龍娣于外地回港，才知畢基出事。龍娣忙往監(jiān)獄探訪畢基，見(jiàn)基面色有異，算出基被女鬼纏上。為求化解災(zāi)劫，龍娣要從仁、八、九中抽選其中一人入獄以救畢基。
　　畢基被獄中老大欺負(fù)，又被女鬼苦纏要替她找出丈夫，苦不堪言。另一方面九被選中入獄，但九做盡壞事仍沒(méi)被捕。反而仁無(wú)心之失，誤傷交通警被捕成階下囚。女鬼四出威嚇眾囚犯替其尋找丈夫，連署長(zhǎng)亦被嚇倒。經(jīng)畢仁介紹，署長(zhǎng)請(qǐng)龍娣驅(qū)鬼。龍娣迫女鬼現(xiàn)身，才知女鬼的丈夫巫明天被誤控販毒而判刑，巫明天自感前途盡毀，未能照顧妻子美好，于獄中自殺。
　　美好為表對(duì)夫堅(jiān)貞竟自殺示愛(ài)，化成厲鬼到獄中尋夫，可惜遍尋不獲。署長(zhǎng)告知巫明天刑期未滿，被葬于監(jiān)獄的后山，女鬼遂往后山尋夫。
　　龍娣認(rèn)為畢基被控販毒，可能亦是冤獄，叫八哥、九哥打聽(tīng)消息。此時(shí)女鬼在后山未能找到巫明天，大怒下要向愚弄她的人報(bào)復(fù)…

　　江力申（唐文龍 飾）天生陰陽(yáng)眼，跟隨江湖大佬志雄工作，心地善良，樂(lè)于助人。一次，他意外遇到游魂鐘太尋替身，不忍見(jiàn)其陷入不歸之境，于是將盈瑩救了回來(lái)。然而，這個(gè)善舉卻破壞了陰陽(yáng)定律，激怒了本應(yīng)安息的惡魂鐘太。為了讓愛(ài)子忠仔能夠早日轉(zhuǎn)世投胎，鐘太開(kāi)始苦纏不休地找尋力申，甚至將忠仔附在他身上，使他陷入生死危機(jī)。
　　江力申的好友畢基找來(lái)畢仁替他驅(qū)鬼，但畢仁的能力有限，未能解決問(wèn)題，反而惹怒了鐘太，使情況雪上加霜。畢基只好請(qǐng)來(lái)龍娣解決這個(gè)麻煩。在龍娣的調(diào)查下，才發(fā)現(xiàn)力申的善意導(dǎo)致了災(zāi)禍的連連發(fā)生，盈瑩家中也遭受了不幸。原來(lái)，鐘太因懷孕時(shí)溺水而亡，愛(ài)子忠仔至今未能轉(zhuǎn)世投胎，而尋替身的行動(dòng)多次被力申破壞，導(dǎo)致鐘太怨念重重。龍娣作為談判專家，成功勸說(shuō)鐘太接受事實(shí)，找來(lái)五輪法王查問(wèn)忠仔未能投胎的原因，以期解決這場(chǎng)糾紛。

　　畢仁陪阿柯往小梅沙旅游，享受陽(yáng)光海灘。阿柯無(wú)意中拾獲鑲有鉆石的太陽(yáng)眼鏡，就此招惹邪靈纏身。畢仁馬上把太陽(yáng)眼鏡丟棄，與阿柯回港?；馗酆螅⒖掳l(fā)現(xiàn)眼鏡仍在旅行袋，以為畢仁大意沒(méi)有丟掉，兩口子為此吵架。阿柯入睡后，戴上眼鏡、穿上泳衣在大廳游泳，醒來(lái)時(shí)告訴龍娣在夢(mèng)中目睹少女在沙灘被殺。阿柯把眼鏡帶回海中，不幸遇溺，迷糊間看到兇案過(guò)程。