遙遠的古靈星被毀滅，幸存的三位超人來到星星球向開心超人求救。以開心超人為首的五位超人為維護宇宙的正義，決定尋找古靈星毀滅的原因。當(dāng)開心超人追查古靈星毀滅的線索時，卻發(fā)現(xiàn)多了兩個神秘的反派——月舞、星影，阻止他們的追查行動，而且月舞星影背后居然還有更大的勢力。他們下一個毀滅的目標(biāo)就是星星球。

在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當(dāng)中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發(fā)戰(zhàn)爭。陷入苦戰(zhàn)之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這里又看到另一群孩子們拼命求生存的身影……。

本劇以鐮池和馬所著的輕小說《魔法禁書目錄》中的人氣角色御坂美琴為主角的外傳漫畫《科學(xué)超電磁炮》改編。故事發(fā)生在面積占據(jù)東京都西部的三分之一，居住著230萬名人口，其中八成人口是學(xué)生的巨大都市“學(xué)園都市”。學(xué)園都市和外部隔離，研究最尖端科技。所有學(xué)生都接受超能力開發(fā)，并大都借由藥物、催眠術(shù)與通電刺激等方式取得超能力。有各種類型不同能力，以范圍和威力分為無能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、異能力者（Level 2）、強能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事從學(xué)園都市最強的電擊公主“超電磁炮”御坂美琴，某天認(rèn)識了和黑子一樣擔(dān)任風(fēng)紀(jì)委員的初春飾利開始...

全人類被神奇的現(xiàn)象一瞬間石化后過了幾千年——擁有超人般頭腦、天生的科學(xué)少年·千空蘇醒了。在文明遭到毀滅的石之世界（STONE WORLD）里，千空決定要用科學(xué)的力量復(fù)原整個世界。而與此同時蘇醒過來的有，以有著過人體力的兒時玩伴·大木大樹為首的伙伴們，從零開始創(chuàng)造文明——從石器時代到現(xiàn)代文明，絕對要趕上這科學(xué)史的200萬年差距！前所未聞的創(chuàng)世冒險譚，就此開幕！

為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對抗,國際科學(xué)特搜隊的鯨井大助決定組織一隊改造人部隊，最後他找到接受手術(shù)的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負(fù)著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。
　　後來因古萊姆引入了侵略機械人，把目標(biāo)由犯罪轉(zhuǎn)變成征服地球。因此皇牌突擊隊亦加入了行動隊長Big 1（ビッグワン），令戰(zhàn)況更加白熱化。

我是圭太，一名正準(zhǔn)備中考的學(xué)生。我正在一對雙胞胎姐姐的幫助下努力學(xué)習(xí)。但該說是幸福呢還是不幸呢，兩人都超積極！而且都是回頭率十分高的美少女。究竟這禁忌之戀能否實現(xiàn)呢？……啊不是！是能否考上高中呢?。?/span>當(dāng)初圭太雖表現(xiàn)得很討厭，但逐漸和雙胞胎姐姐亞香、理香的距離縮短了……在姐姐們各自的要求下，嘴唇曾幾次互相重疊。在不知不覺間已向禁斷的二等邊三角關(guān)系邁進……