位于東京西部的巨大“學(xué)園都市”。在總?cè)丝谶_(dá)230萬(wàn)人，其中約8成是學(xué)生的這座都市中，實(shí)施著超能力開(kāi)發(fā)的特殊課程，學(xué)生們的能力被給予從“無(wú)能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評(píng)價(jià)。高中生上條當(dāng)麻，也是住在學(xué)園都市的學(xué)生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護(hù)都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評(píng)價(jià)為名落孫山的“無(wú)能力”，過(guò)著充滿(mǎn)不幸的人生。而上條的學(xué)生生活，由于暑假開(kāi)始時(shí)從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書(shū)目錄茵蒂克絲”相遇開(kāi)始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統(tǒng)率學(xué)園都市的“科學(xué)”方、與茵蒂克絲關(guān)聯(lián)的“魔法”方，在驚險(xiǎn)地解決雙方事件的過(guò)程中，他的人際關(guān)系也逐步擴(kuò)展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。如同呼應(yīng)魔法方一般，科學(xué)方的學(xué)園都市也有所動(dòng)作。但也有與逐漸開(kāi)始對(duì)立的世界動(dòng)向抗?fàn)幍娜瞬粩喑霈F(xiàn)。那些通過(guò)與上條有所關(guān)聯(lián)，而使命運(yùn)大為改變的“英雄”們。他們挺身而出與世界對(duì)峙。如同上條當(dāng)麻做過(guò)的那樣。科學(xué)與魔法第三次交織之時(shí)，故事將大幅推進(jìn)??！

栗原雪（加隈亞衣 配音）是一名高中二年級(jí)的女生。個(gè)性溫和而又安靜的她甚至有些傻氣，但深得朋友們的喜愛(ài)，對(duì)待生活和學(xué)習(xí)認(rèn)真刻苦的她雖然常常會(huì)惹出小小的麻煩，但這反而增加了她的可愛(ài)度，顯得是如此的楚楚動(dòng)人。桃月心也（岡本信彥 配音）是比栗原雪小一歲的高中一年級(jí)男生，雖然個(gè)頭比同齡人小巧，但心也展現(xiàn)出的卻是超越了同齡人的包容和穩(wěn)重。命運(yùn)讓這樣的兩個(gè)人相遇了，栗原雪一下子就喜歡上了心也，終于，她鼓起勇氣告白了，同樣心動(dòng)的心也接受了栗原雪的心意，兩人就此開(kāi)始交往，充滿(mǎn)了甜蜜和羞澀的戀愛(ài)喜劇就此正式上演。

為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對(duì)抗,國(guó)際科學(xué)特搜隊(duì)的鯨井大助決定組織一隊(duì)改造人部隊(duì)，最後他找到接受手術(shù)的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負(fù)著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。
　　後來(lái)因古萊姆引入了侵略機(jī)械人，把目標(biāo)由犯罪轉(zhuǎn)變成征服地球。因此皇牌突擊隊(duì)亦加入了行動(dòng)隊(duì)長(zhǎng)Big 1（ビッグワン），令戰(zhàn)況更加白熱化。