南洋富庶之國新加坡，著名的魚尾獅突然噴涌鮮血，預(yù)示著新的陰謀和危機(jī)的到來。與此同時，京極真（檜山修之 配音）即將參加在新加坡舉辦的空手道錦標(biāo)賽。為了給男友助威，土豪之女鈴木園子（松井菜櫻子 配音）邀請小蘭（山崎和佳奈 配音）及其他的朋友們一同飛往新加坡。只不過由于新一正以小學(xué)生的身份存在，所以他沒有護(hù)照。當(dāng)一陣昏迷之后，柯南（高山南 配音）蘇醒過來，驚訝地發(fā)現(xiàn)自己已經(jīng)身處新加坡。而就在不遠(yuǎn)處，正在和小蘭快樂交談的居然是工藤新一。原來這一切都是怪盜基德（山口勝平 配音）搞的鬼，不久前魚尾獅噴血事件，直接將罪名栽在基德身上。
　　而這一切兇險事件，都與空手道錦標(biāo)賽的獎品——寶石“紺青之拳”息息相關(guān)……

　　某日，小新（矢島晶子 配音）、小葵和美伢（楢橋美紀(jì) 配音）被一群神秘人物綁架，醒來之后發(fā)現(xiàn)身處一間神秘的基地之內(nèi)，原來，這里是名為“溫泉G組”的秘密組織，意在保護(hù)對于日本來說十分珍貴的溫泉。然而，橫空出世的污垢達(dá)人博士（家弓家正 配音）企圖利用“地球溫泉計劃”將溫泉G組徹底擊垮。
　　唯一能夠阻止污垢達(dá)人博士的陰謀的，就只有僅存在于傳說之中的“黃金之魂溫泉”，而組員們經(jīng)過調(diào)查，發(fā)現(xiàn)該溫泉正好處于小新他們家地下。小新一家人決定幫助溫泉G組的同胞們找到黃金之魂溫泉，卻遭到了污垢達(dá)人博士的襲擊，并且最終淪為俘虜遭受了酷刑。

　　鈴可是一名時空巡邏員，某日，在巡邏之中，她發(fā)現(xiàn)戰(zhàn)國時代即將發(fā)生打亂，于是決定穿越到那個時代，解除危機(jī)，沒想到在穿越的過程中，鈴可竟然遭到了莫名的敵人的攻擊，兵荒馬亂之中，鈴可來到了二十世紀(jì)，剛剛好跌落到了男孩野原新之助（矢島晶子 配音）家的庭院之中。
　　鈴可附身在了小新所飼養(yǎng)的寵物狗小白的身上，借小白之口向美伢（楢橋美紀(jì) 配音）和廣志（藤原啟治 配音）說明了事件的前因后果，于是，一家三口跟隨著鈴可，穿越回了十六世紀(jì)的戰(zhàn)國時代，在哪里等待著他們的，除了新奇刺激的體驗，還有無窮無盡的危險和窮兇極惡的敵人。

       莉娜是一位才華橫溢的婦產(chǎn)科醫(yī)生，她的丈夫謝爾蓋是一家省級劇院的演員。他們的關(guān)系溫柔而親密，但完全沒有性。莉娜懷疑謝爾蓋有外遇，但她默默忍受，沒有讓她的嫉妒表現(xiàn)出來。莉娜開始和一些隨機(jī)的男人發(fā)生外遇，她的不忠行為最終失控并改變了她的真實生活。

　　正在調(diào)查墜落在太平洋上的不明飛行物體的海上自衛(wèi)隊二尉有動貴文（大澄賢也），遇到了突然出現(xiàn)的藍(lán)光，受發(fā)光體的影響，導(dǎo)致遺傳因子標(biāo)準(zhǔn)的變質(zhì)，變成了兇惡的怪獸THE ONE。之后，他（THE ONE）從防衛(wèi)廳內(nèi)的特殊機(jī)關(guān)BCST（對生物工程學(xué)的研究機(jī)關(guān)）的監(jiān)視下逃走，從此就沒了音訓(xùn)。
　　另一方面，航空自衛(wèi)隊F15J飛行員真木舜一（別所哲也），為了多點(diǎn)時間陪伴患有先天性疾病的兒子繼夢決定辭去官職。在最后一次飛行中真木與“紅色發(fā)光體”在空中相遇。這是the one事件后3個月發(fā)生的事情。但是真木奇跡般地生還，然后轉(zhuǎn)職成為了民航機(jī)飛行員，展開了新生活。對這樣的真木還是有機(jī)關(guān)非常關(guān)注，尤其是BCST中的化學(xué)擔(dān)當(dāng)官水原沙羅，BCST將真木強(qiáng)制帶走，在廢工廠中搭建的BCST研究室進(jìn)行身體上的監(jiān)視。此時行蹤不明的怪獸THE ONE像被某種東西吸引而回來了。遭受THE ONE攻擊而瀕死的真木，身體發(fā)生了變化，在紅色光球的力量之下變身了！變成身高10M擁有銀色光芒的鋼鐵身體型態(tài)，偶而還有自己意志的真木，跟THE ONE展開作戰(zhàn)，但是因為變身不完全，能量快速消耗，在遭到?jīng)Q定性的一擊后變回了真木舜一的型態(tài)。然后沙羅將這個在THE ONE之后出現(xiàn)的生命體定名為“THE NEXT”。
　　真木在從東京被護(hù)送回BCST研究室的途中得知了兒子繼夢入院的消息,在趕到醫(yī)院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此時,人類最大的危機(jī)出現(xiàn)了,在吸收了各式各樣的生物進(jìn)入體內(nèi)而產(chǎn)生變異的"THE ONE"重返出現(xiàn)在新宿的街道上,從口中發(fā)出的的超絕火炎光彈將街道燒毀殆盡有慟的人格已經(jīng)被"THE ONE"取代,已經(jīng)成為不能變回為人的狀態(tài)。不過那樣的有慟以前與水原沙羅卻是有著婚約的情侶為了沙羅心中的回憶，并且為了跟兒子繼夢的約定，為了保護(hù)心愛的家族，真木再次變身。那個姿態(tài)更加進(jìn)化成巨大化40m，在間接部有像流血般的紅色，兩肘的特征是出現(xiàn)肘刀?，F(xiàn)在，以新宿副市中心為舞臺，ULTRAMAN與"THE ONE"的決戰(zhàn)之火開始燃燒了！