曾經(jīng)的一場人魔大戰(zhàn)令兩方人馬都元氣大傷，如今，戰(zhàn)爭的硝煙已然散去，卻遺留下了諸多的難題要一一破解。人類為了贏得戰(zhàn)爭而鍛造了大批擁有強大力量的武器，人們稱之為“神誨魔械”，戰(zhàn)爭結(jié)束后，這批破壞力強大的武器的去向則成為了需要解決的首要問題，大家都同意將它們交由護印師來保管。
　　丹衡（平川大輔 配音）和丹翡（中原麻衣 配音）兄妹兩，身為護印師，擔負起了保管最強兵器“天刑劍”的職責，卻也給兩人引來了殺身之禍。最終，天刑劍還是落入了蔑天?。P(guān)智一 配音）的手中。為了追回魔劍，丹翡踏上了旅途，期間結(jié)識了凜雪鴉（鳥海浩輔 配音）和殤不患（諏訪部順一 配音）兩人。

　　四大宗門之首的玄靈宗，多年來第一次來臨水城選拔弟子，方秦兩家圍繞這一個將決定二者命運的契機，展開明爭暗斗。最終，秦南依靠潛心修煉、絕佳天資以及奇遇所得的戰(zhàn)神之魂，在使者蕭輕雪的公正判罰下，成功扭轉(zhuǎn)頹勢戰(zhàn)勝方家。進入宗門后，秦南因卷入蕭輕雪被逼婚一事，惹來宗主之子歐陽君的仇視。為了不斷變強，報答蕭輕雪的知遇之恩，秦南屢破強敵，連奪萬象大比、外門大比第一、與四大宗門天才共闖武緣閣，并獲得攪動大陸的驚天秘密，與冷鋒約戰(zhàn)生死殿、破北海家圍困臨水城之難，探索九字真言塔，誓與宗門惡勢力戰(zhàn)斗到底。

SIDE6沉浸在一片安宜祥和的氣氛中，這里遠離戰(zhàn)場，幾乎從未發(fā)生過什么戰(zhàn)事，駐守在這兒的聯(lián)邦軍的部隊也并不多，這一點，并不使少年阿魯高興，因為他是一個軍事迷，渴望看一下激烈的戰(zhàn)斗場面。一日阿魯正與朋友們交流時，殖民地內(nèi)發(fā)生了騷動，這是由吉恩的小股偵察部隊與聯(lián)邦發(fā)生的沖突所引致，不久，一架受了傷的扎克（改），掠過阿魯?shù)纳峡?，墜落在離他不遠的林間草坪上。被擊落的吉恩新兵巴尼，用自己的軍銜章?lián)Q取了阿魯?shù)臄z影機磁卡，這里面記錄有阿魯從聯(lián)邦的工廠里到的MS組裝畫面。此外，還有幾日前從地球搬來的阿魯家的鄰居紅發(fā)女郎克麗絲的倩影。巴尼獲取的情報，引起了吉恩軍的注意，他們立即組建了一支突擊小隊，執(zhí)行破壞高達的任務(wù)。于是，巴尼所在的小隊，依靠一場小規(guī)模的戰(zhàn)斗的混亂，再度潛入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次與阿魯相遇。

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