故事發(fā)生在被選召的孩子們首次接觸數(shù)碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區(qū)海面上的波浪在朝陽下?lián)u曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風(fēng)，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現(xiàn)在，冒險(xiǎn)再度進(jìn)化……

　　奧爾法獸事件過后，隨著時(shí)間流逝，御臺(tái)場(chǎng)地區(qū)也漸漸復(fù)興著。
　　“回到日本之后，我就決定一定要去大大的澡堂泡澡！”因?yàn)槊烂肋@句話，加上為了歡迎新加入的伙伴芽心和緬因貓獸，大家前往附近的溫泉主題公園。雖然度過了一段開心的時(shí)光，但是這兒并沒有阿丈的身影。
　　面對(duì)高考臨近的事實(shí)，他在高考和“被選召的孩子們”的使命之間產(chǎn)生了煩惱?！盀槭裁从直仨毷俏覀?nèi)ッ鎸?duì)啊？”
　　這個(gè)時(shí)候，在御臺(tái)場(chǎng)再度出現(xiàn)了感染的數(shù)碼寶貝、這是擁有著高傲靈魂的奧加獸。而看著電視中奧加獸的暴走，美美和巴魯獸決定出擊?！氨仨氁屓藗冎溃灿泻玫臄?shù)碼寶貝！”
　　然而，美美和巴魯獸無視光子郎而參與的戰(zhàn)斗，卻造成了意想不到的結(jié)果。各自懷揣煩惱的阿丈與美美。在月島綜合高中文化祭當(dāng)天，一個(gè)男人出現(xiàn)在了他們面前。
　　如今，冒險(xiǎn)再度進(jìn)化……