全人類被神奇的現(xiàn)象一瞬間石化后過了幾千年——擁有超人般頭腦、天生的科學(xué)少年·千空蘇醒了。在文明遭到毀滅的石之世界（STONE WORLD）里，千空決定要用科學(xué)的力量復(fù)原整個(gè)世界。而與此同時(shí)蘇醒過來的有，以有著過人體力的兒時(shí)玩伴·大木大樹為首的伙伴們，從零開始創(chuàng)造文明——從石器時(shí)代到現(xiàn)代文明，絕對要趕上這科學(xué)史的200萬年差距！前所未聞的創(chuàng)世冒險(xiǎn)譚，就此開幕！

　　故事發(fā)生在炎熱的夏天，青青大草原酷熱難耐。剛好這一天，慢羊羊村長（高全勝 配音）收到了來自冰極科考隊(duì)的來信，信上說這里發(fā)現(xiàn)了遠(yuǎn)古的遺跡，因此邀請村長前去一起考察。一聽說能去到一個(gè)涼爽的地方，于是懶羊羊（梁穎 配音）纏著村長帶他們乘坐嘻哈火車一同前往冰極。結(jié)果旅途并不順利，羊村一行掉入了一個(gè)冰洞，期間意外發(fā)現(xiàn)了遠(yuǎn)古遺跡。而就在此時(shí)，壞心眼的淘淘（鄧玉婷 配音）再度出現(xiàn)，他向喜羊羊（祖晴 配音）一行發(fā)動攻擊，并且誤導(dǎo)喜羊羊擊碎了遺跡中的時(shí)間寶石。這下可壞了，整個(gè)時(shí)空發(fā)生錯(cuò)亂，甚至遠(yuǎn)古的恐龍都被傳送了過來。
　　更糟糕的是，如果不能及時(shí)把所有時(shí)空迷失者送回原來的時(shí)間，那么一周后世界將被重置為汪洋大?！?/p>

本劇以鐮池和馬所著的輕小說《魔法禁書目錄》中的人氣角色御坂美琴為主角的外傳漫畫《科學(xué)超電磁炮》改編。故事發(fā)生在面積占據(jù)東京都西部的三分之一，居住著230萬名人口，其中八成人口是學(xué)生的巨大都市“學(xué)園都市”。學(xué)園都市和外部隔離，研究最尖端科技。所有學(xué)生都接受超能力開發(fā)，并大都借由藥物、催眠術(shù)與通電刺激等方式取得超能力。有各種類型不同能力，以范圍和威力分為無能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、異能力者（Level 2）、強(qiáng)能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事從學(xué)園都市最強(qiáng)的電擊公主“超電磁炮”御坂美琴，某天認(rèn)識了和黑子一樣擔(dān)任風(fēng)紀(jì)委員的初春飾利開始...