一天，工藤大器偶然聽到了神秘聲音的呼喚，與朋友們一起來到了數碼世界，在那里認識了眾多的數碼獸同伴并且成為指揮官建立“Xros Heart”團隊。意想不到的是，在數碼世界中除了他們外竟然還有別的人類在數碼世界中活躍著……然而，為了防止邪惡的巴古拉軍企圖稱霸數碼世界，他們將要努力地收集水晶（Code Crown）來保護各個領域（Zone），擔負起拯救數碼世界的命運。
被巴古拉獸擊回到人類世界的工藤大器和高吼獸，經過東京大決戰(zhàn)留在人類世界一天后，相對地數碼世界已經過了好幾個月的時間，并落入了巴古拉軍支配下的地獄世界，分裂為七個國家（Land），由七名巴古拉軍手下的死亡指揮官所統(tǒng)治，而這七名死亡指揮官就是本篇章的主要敵人。為了讓數碼世界再次得到和平，工藤大器和高吼獸決定再次回到危機四伏的數碼世界中。此外，本篇章亦出現(xiàn)全新力量“超進化”。
與巴古拉獸的最終決戰(zhàn)已經過去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入讀大器所讀的中學，并與大器組成“Xros Heart”的籃球隊，過著悠閑的生活，而隊伍中還有一名尊敬著大器學長的成員-明石激。一天，明石激被卷入了“數碼晶界”所發(fā)生的異變之中。
