《戀離飛翼》劇情緊接著《虛空歌姬》，時間大約為第一部完結(jié)之后1個月，故事描述了主人公早乙女阿爾特他們與不明宇宙生物“Vajra”之間最后的戰(zhàn)役。對于很多fans有所不滿的“雙飛”戀情，在本作中也將畫上句號。阿爾特將在兩位女主角——雪莉露·諾姆和蘭卡之間做出一個選擇?！秳霭?MacrossF》在當(dāng)初制作時就預(yù)備做成上下兩部，所以這部劇場動畫也是《MacrossF》整個故事的完結(jié)篇。
　　西歷2059年，計劃尋找新天地的銀河移民船團“macross frontier”上，一名以駕駛員為目標(biāo)而努力的少年早乙女阿爾特感受到了前所未有的閉塞感。這個時候，位于銀河頂端的歌姬雪莉露·諾姆來到船團舉行巡回演唱會，阿爾特以及憧憬著雪莉露的少女蘭花·李當(dāng)天都來到了會場。 然而演唱會當(dāng)中，卻突然遭到重機架生命體的襲擊。為了保護少女們，阿爾特登上了最新型可變戰(zhàn)斗機VF-25。在戰(zhàn)火烽煙的盡頭，傳說中可以震撼宇宙的“歌”以及糾纏著少女們的“迷”究竟是什么……？