在本季《超級飛俠》中，超級飛俠依然會接收來自世界各地小朋友的電話，為小朋友定制他們需要的特別的東西，并將東西送到他們手上。當(dāng)小朋友們遇到困難，樂迪會請求總部的幫助，超級飛俠將帶來擁有各種屬性的愿望能量球，和小朋友們一起搖身一變成為酷炫的愿望守護(hù)者，陪同小朋友一起解決問題。 而上一季新登場的三位超級飛俠新成員：恐龍飛機(jī)超級飛俠大壯、速食卡車超級飛俠糯糯、高速火車超級飛俠咚咚，也會在這一季中展示他們的過人之處。而當(dāng)困難升級，超級基地也會變成超級機(jī)器人，跟超級飛俠一起陪小朋友們度過難關(guān)。

故事發(fā)生在遙遠(yuǎn)的2061年，網(wǎng)絡(luò)成為了維系社會平衡不可或缺的存在，并且已經(jīng)發(fā)展到了憑借意識就能夠自由連結(jié)的地步，然而，網(wǎng)絡(luò)的極度發(fā)達(dá)帶來的卻是個人信息的不斷泄露和被篡改，并且因此而引發(fā)了一系列嚴(yán)重的社會問題，犯罪事件頻發(fā)。

　　『アイドルマスターシンデレラガールズ シンデレラ劇場』アニメ制作決定！2017年頃放送予定

魔賈斯事件已經(jīng)過去，卻又來了新的危機(jī)。他就是阿格果。阿格果的邪惡計劃是要吸取五個獨(dú)特異形的神奇能力，透過他們集結(jié)起來的力量，讓阿格果變得威力無窮，邪惡的破壞陰謀便可得逞。另外，田小班可變身成異形英雄的秘密，被媒體廣為報導(dǎo)，現(xiàn)在的小班成為家喻戶曉的國際大英雄，深受世界各地的小孩愛戴。不過同時也有很多成年人不相信他，懷疑他真正的能力。成了國際知名的超級英雄，小班必須學(xué)習(xí)如何面對狂熱的粉絲，還有那些視他為麻煩的大眾。幸好，田小玟和凱文總是在小班的身邊陪伴他。

　　サマーフェスから1か月が過ぎた頃、346グループ會長の娘で、米國の関連企業(yè)から戻ったばかりの美城常務(wù)がアイドル部門の統(tǒng)括重役として赴任する。成果が上がるまでの時間がかかりすぎている346プロの現(xiàn)狀を問題視する常務(wù)は、全プロジェクトを解體して白紙に戻し、有望なアイドルを見定めて彼女らを中心に據(jù)える346ブランドの強(qiáng)化案を?qū)g行に移した。フェス後に順調(diào)に仕事を増やしてきたCPも影響を受け、プロジェクトルームも30階のオフィスから地階へと移ることになる。畫一化されたアイドルの理想像を提唱する常務(wù)に対し、アイドル各人の個性の成長を重視するプロデューサーは対案として「シンデレラの舞踏會」企畫を提示し、今期末（冬）までに一定の成果を出すことを條件に自由裁量権を得る。
　　強(qiáng)引な改革は346プロを徐々に変えていく。常務(wù)が有力なアイドルへの働きかけを続ける裏で、CPは「舞踏會」の為に更なるスキルアップに勵み、その過程で常務(wù)の路線に難色を示す他部署のアイドルをも巻き込んでいく。やがて常務(wù)は自ら選抜したアイドル達(dá)で構(gòu)成される新企畫「Project:Krone」を発表するが、そのメンバー候補(bǔ)の中にはアナスタシアと凜も含まれていた。アナスタシアは自身の成長のためにあえて參加を決意し、その意を受けた美波と、CPの枠を越えてアイドル各人の將來を考え始めたプロデューサーの承認(rèn)を受けて「LOVE LAIKA」との掛け持ち態(tài)勢に移る。一方、同じく「Krone」に選ばれた中學(xué)校時代の同級生?北條加蓮と、その相棒?神谷奈緒とのユニット「トライアドプリムス」に惹かれる「なにか」を感じた凜は卯月と未央に相談を持ちかける。未央は一度は「Krone」への參加に反発するが、凜が求めている「なにか」を自分なりに確かめるため、自分もソロ活動に挑戦することを宣言し、凜の背中を押す。
　　常務(wù)から各部署の査定會を兼ねるオータムフェスに急遽參加を求められたプロデューサーは、他部署からの応援を加えてCPを再編成する。