故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學?！窱S 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。

　　天地混亂的混沌時代--有一塊人和妖怪共存的土地，那里是文明和信仰之源--桃源鄉(xiāng)。突然的異變和恐怖襲擊了那土地，以往平穩(wěn)生活著的的妖怪們失去了自我開始了暴走。異變的元兇是“將過去的大妖怪牛魔王給復活了”這件事。
　　由于在這個世界上被禁忌著的科學和妖術，現(xiàn)在牛魔王的復活要被完成了，負波動覆蓋著大地。
　　看重這事態(tài)的天界，下達了請?zhí)迫厝プ柚古Ｄ鯊吞K實驗的命令。同那不怕負波動的三人，孫悟空，沙悟浄，豬八戒一起前往遙遠的西天·天竺國的旅行開始了。
　　與此同時，在天竺國吠登城里，牛魔王復蘇實驗的策劃者張本人，牛魔王的情人玉面公主，向紅孩兒下達了除掉三藏一行的抹殺令。紅孩兒是牛魔王的兒子，為了救出被玉面公主詛咒封印起來的母親，同仰仗他的心腹一起發(fā)起了挑戰(zhàn)。
　　三藏他們能阻止牛魔王復蘇實驗，能使走向毀滅的桃源鄉(xiāng)再次恢復和平嗎？

我是圭太，一名正準備中考的學生。我正在一對雙胞胎姐姐的幫助下努力學習。但該說是幸福呢還是不幸呢，兩人都超積極！而且都是回頭率十分高的美少女。究竟這禁忌之戀能否實現(xiàn)呢？……啊不是！是能否考上高中呢??？當初圭太雖表現(xiàn)得很討厭，但逐漸和雙胞胎姐姐亞香、理香的距離縮短了……在姐姐們各自的要求下，嘴唇曾幾次互相重疊。在不知不覺間已向禁斷的二等邊三角關系邁進……

位于東京西部的巨大“學園都市”。在總人口達230萬人，其中約8成是學生的這座都市中，實施著超能力開發(fā)的特殊課程，學生們的能力被給予從“無能力Level 0”到“超能力Level 5”的六階段評價。高中生上條當麻，也是住在學園都市的學生之一。他由于隱藏在右手中的力量——只要是異能之力，就連神的加護都能消除的“幻想殺手Imagine Breaker”，而被評價為名落孫山的“無能力”，過著充滿不幸的人生。而上條的學生生活，由于暑假開始時從天而降的純白修女而發(fā)生了巨大的變化。自從與逃離“魔法”世界的她——“禁書目錄茵蒂克絲”相遇開始，上條就被卷入了各種各樣的事件中。統(tǒng)率學園都市的“科學”方、與茵蒂克絲關聯(lián)的“魔法”方，在驚險地解決雙方事件的過程中，他的人際關系也逐步擴展。之后，魔法一方的十字教最大宗派羅馬正教，終于注意到上條的存在……。如同呼應魔法方一般，科學方的學園都市也有所動作。但也有與逐漸開始對立的世界動向抗爭的人不斷出現(xiàn)。那些通過與上條有所關聯(lián)，而使命運大為改變的“英雄”們。他們挺身而出與世界對峙。如同上條當麻做過的那樣?？茖W與魔法第三次交織之時，故事將大幅推進?。?/p>

　　東西冷戰(zhàn)了170年后的未來，世界被分為東部和西部二個對立面。經?；ハ鄬χ?，處于極度的緊張狀態(tài)。在那樣的狀況中，設立了秘密諜報組織“Zero zero機關”，組織以00號碼稱呼著間諜部隊中的人工控制機械人。
　　主人公ミレーヌ·ホフマン 屬于00號碼間諜“9小組”的女性人工控制機械人。代號009-1的她美麗的身體中包藏著許多秘密兵器，并賭上性命進行著諜報活動。

本劇以鐮池和馬所著的輕小說《魔法禁書目錄》中的人氣角色御坂美琴為主角的外傳漫畫《科學超電磁炮》改編。故事發(fā)生在面積占據(jù)東京都西部的三分之一，居住著230萬名人口，其中八成人口是學生的巨大都市“學園都市”。學園都市和外部隔離，研究最尖端科技。所有學生都接受超能力開發(fā)，并大都借由藥物、催眠術與通電刺激等方式取得超能力。有各種類型不同能力，以范圍和威力分為無能力者（Level 0）、低能力者（Level 1）、異能力者（Level 2）、強能力者（Level 3）、大能力者（Level 4）和超能力者（Level5）。故事從學園都市最強的電擊公主“超電磁炮”御坂美琴，某天認識了和黑子一樣擔任風紀委員的初春飾利開始...

為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對抗,國際科學特搜隊的鯨井大助決定組織一隊改造人部隊，最後他找到接受手術的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。
　　後來因古萊姆引入了侵略機械人，把目標由犯罪轉變成征服地球。因此皇牌突擊隊亦加入了行動隊長Big 1（ビッグワン），令戰(zhàn)況更加白熱化。

全人類被神奇的現(xiàn)象一瞬間石化后過了幾千年——擁有超人般頭腦、天生的科學少年·千空蘇醒了。在文明遭到毀滅的石之世界（STONE WORLD）里，千空決定要用科學的力量復原整個世界。而與此同時蘇醒過來的有，以有著過人體力的兒時玩伴·大木大樹為首的伙伴們，從零開始創(chuàng)造文明——從石器時代到現(xiàn)代文明，絕對要趕上這科學史的200萬年差距！前所未聞的創(chuàng)世冒險譚，就此開幕！