高町奈葉（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年級(jí)學(xué)生，某日，在上學(xué)的路上，她同來(lái)自異世界米德其路達(dá)的尤諾（水橋香織 配音）相遇了。尤諾告訴奈葉，她正在尋找遺落人間的太古遺產(chǎn)“圣石之種”，這種珍貴的寶物蘊(yùn)藏著巨大的能量，如果棄之不顧有可能在人間界造成巨大的破壞，接二連三的波折之后，奈葉成為了幫助尤諾回收種子的魔法少女，開(kāi)始了一段充滿了危險(xiǎn)和刺激的奇幻旅程。某日，一位名叫菲特（水樹(shù)奈奈 配音）的金發(fā)少女出現(xiàn)在了奈葉的面前，她和奈葉一樣同為回收種子的魔法少女，也就是說(shuō)，她們的關(guān)系是競(jìng)爭(zhēng)者。奈葉能夠打敗這樣一位強(qiáng)勁的對(duì)手嗎？對(duì)于菲特來(lái)說(shuō)，溫柔而又努力的奈葉又是一種怎樣的存在呢？

　故事發(fā)生在明朝末年，倭寇入侵，圍棋界也遭受了前所未有的撼動(dòng)和打擊，代表著正義的圍棋精神和代表著邪惡的圍棋精神激烈交鋒，平靜的表象之下彌漫著濃烈的硝煙。江流兒（徐剛 配音）被父親寄養(yǎng)在凌云寺，在那里，江流兒展現(xiàn)出了杰出的圍棋天賦，受到了老和尚圓德（王肖兵 配音）的賞識(shí)。江流兒的父親江靈運(yùn)身為朝廷官員，在調(diào)查妖刀王（袁國(guó)慶 配音）通寇一案時(shí)發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，隨后被暗殺，江流兒成為了孤兒。在圓德和尚的鼓勵(lì)之下，江流兒正式走入了圍棋界，決心參加界內(nèi)最權(quán)威的比賽——圍棋國(guó)手大賽。然而，單純善良的江流兒不諳世事，遭到了西金棋院的利用，他就像棋壇中的一顆炸彈，散發(fā)出了無(wú)窮的破壞力。

　　陣界斗從東京轉(zhuǎn)學(xué)到愛(ài)知縣，原本界斗就是一個(gè)土生土長(zhǎng)的東京人，轉(zhuǎn)學(xué)到愛(ài)知后，界斗自己還期待周?chē)耐瑢W(xué)會(huì)說(shuō)當(dāng)?shù)氐姆窖?，展現(xiàn)獨(dú)特的生活習(xí)俗，但界斗想的太多，同學(xué)并沒(méi)有什么特別明顯的不同。直到界斗遇到后輩八十龜最中，加入了學(xué)校的寫(xiě)真部，才開(kāi)始真正的接觸愛(ài)知地區(qū)的名古屋文化與名古屋方言，作為土生土長(zhǎng)的名古屋人，八十龜最中對(duì)于作為東京土著的陣界斗有一種莫名的對(duì)抗感，陣界斗與八十龜醬就在輕松的日常中，介紹名古屋的風(fēng)土人情。之前名古屋當(dāng)?shù)貫榱舜龠M(jìn)觀光，還任命八十龜醬為名古屋觀光大使——by:m.yakubd.cc

　　2050年。由于在父親創(chuàng)立的制造公司·Rebuild社對(duì)“自律機(jī)械DZ”的開(kāi)發(fā)做出了貢獻(xiàn)，
　　因而年紀(jì)輕輕就贏得了名聲的技術(shù)人員德里達(dá)·伊萬(wàn)（主人公）。
　　有一次，德里達(dá)與同僚內(nèi)桑注意到了“DZ”的重大缺陷，
　　但上司卻完全不聽(tīng)從忠告，對(duì)此感到惱火的他在知道危險(xiǎn)的情況下仍然拖延應(yīng)對(duì)，
　　并前去參加內(nèi)桑的愛(ài)女·瑪吉的生日派對(duì)。
　　但，在度過(guò)了一時(shí)平穩(wěn)之后的第二天，德里達(dá)和內(nèi)桑遭到神秘部隊(duì)的襲擊。
　　在出逃的最后，落入冷凍睡眠裝置的德里達(dá)再次睜開(kāi)眼時(shí)，
　　時(shí)間已經(jīng)過(guò)了10年，放眼望去的世界早已荒廢，陷入了戰(zhàn)爭(zhēng)狀態(tài)！
　　就在遭到失控的“DZ”群的襲擊，即將放棄一切的時(shí)候，
　　德里達(dá)回想起了內(nèi)桑臨終的話語(yǔ)。
　　“瑪吉就拜托你了”
　　即使對(duì)降臨到自己身上的命運(yùn)感到困惑，但為了尋找瑪吉，德里達(dá)仍然向前邁進(jìn)。
　　重逢，超越了“時(shí)間”——
　　這是，思念踏上旅途的故事。