14年前，初號機疑似神化第一形態(tài)的覺醒帶來近三沖擊，使世界發(fā)生前所未有的巨變。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宮村優(yōu)子 配音）和真里（坂本真綾 配音）奪回被封印在衛(wèi)星軌道上的初號機和碇真嗣（緒方惠美 配音），但絕對禁止真嗣登上初號機。感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗（林原惠美 配音）登上突然入侵的九號機，返回了千瘡百孔的NERV總部。在這里，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那里得知自己將和美少年渚薰（石田彰 配音）共同駕駛十三號機。長達14年的空白，期間的滄桑巨變和情感糾葛讓真嗣不知所措。而看似溫柔的渚薰為他揭開了種種難以置信的真相……
　　本片為EVA新劇場版四部曲的第三部。

清末民初亂世中，土匪雷虎欲洗劫龍門鎮(zhèn)。龍威鏢局總鏢頭龍一條帶領全鎮(zhèn)鄉(xiāng)民反抗。龍一條先邀請各路高手除掉雷虎，均未得手。龍一條決定犧牲自己與雷虎同歸于盡。但此舉卻練成家傳的霹靂神拳，將雷虎擊殺匡扶了正義   

三十歲出頭的叢林（任素汐 飾）如何也想不到，與哥哥叢來（李晨 飾）的又一次戈壁“尋人之旅”，會被一場沙暴推向生命絕境。