牧塵，北靈境中史無前例取得“靈路”資格的少年。本應(yīng)順利通過“靈路”的試驗后進入五大院學(xué)習(xí)，卻史無前例地在靈路試煉中半途被踢了出來，沒有人知道原因為何，許多人因此認(rèn)為他不過是僥幸得到資格。然而牧塵將用實力證明，就算沒能在“靈路”中走到最后，他也能奪取五大院的入門資格。

　　在遠古的時代，宇宙中存在著分別代表光明與黑暗的兩個文明，正如光與影永遠是相互矛盾的，兩個文明也長年處于戰(zhàn)爭之中，代表黑暗的文明為了取得勝利，就制造了一種高科技的戰(zhàn)艦，這種戰(zhàn)艦擁有超強的作戰(zhàn)能力及穿越時空的能力，而且，還擁有自己的思想。然而，這種戰(zhàn)艦卻會把駕駛者作為自己的食糧，以此來增強自己的力量。這種黑色的戰(zhàn)艦就像魔鬼一樣，會把敵人徹底毀滅，但同時也會吞噬駕駛員的生命。而在同一時間，為了對抗敵人的黑色戰(zhàn)艦，代表光明的文明也創(chuàng)造了一艘白色戰(zhàn)艦與黑色戰(zhàn)艦抗衡。后來，兩個文明都原因不明地消失了，而那些戰(zhàn)艦卻依然存在在宇宙的某個角落里，新時代的人為他們起了個名字——遺失之艦（LostShips）
　　故事發(fā)生的世界，是設(shè)定為Slayers中所稱的“異世界”。故事重心圍繞在“遺失之艦——飛天一號”上。而統(tǒng)治這個世界的魔王正是在中被消滅的異界魔王——黑暗之星。
　　由于將精神力變換為能量的“精神物理學(xué)”的發(fā)達，產(chǎn)生了超越光速技術(shù)的遙遠未來。主人公凱恩在這個世界里解決著發(fā)生的各種各樣的事故，這種工作稱之為“TROUBLE CONTRACTOR”(麻煩終結(jié)者，簡稱T.C）。
　　凱恩（kane）的伙伴是加娜（Canal），表面上是人類，實際上是飛天一號的主電腦的立體投射映像。性格很可怕的，凱恩（kane）因為惹她生氣而被扔出宇宙船（在宇宙中啊……生命?。┳鳛閳髲?fù)。
　　另一個伙伴是想成為“宇宙第一”的米麗（米Mill），原來米麗（mill）是個偵探，因為凱恩（kane）的關(guān)系被解雇，也成為了T.C。米麗（mill）的槍法和料理都非常好……就是料理的時候廚房會遭殃……

斗羅大陸3龍王傳說故事結(jié)束一萬年后，冰化了，斗羅聯(lián)邦科考隊在極北之地科考時發(fā)現(xiàn)了一個有著金銀雙色花紋的蛋，用儀器探察之后，發(fā)現(xiàn)里面居然有生命體征，趕忙將其帶回研究所進行孵化。蛋孵化出來了，可孵出來的卻是一個嬰兒，和人類一模一樣的嬰兒，一個蛋生的孩子。