神崎瞳（坂本真綾 配音）是一位平凡的十五歲高中女孩，她喜歡著田徑隊(duì)的學(xué)長天野，卻又沒有勇氣將自己的心意告訴他。某日，瞳意外得知天野一家人即將移民，這也就意味著，瞳將再也無法見到學(xué)長了。與此同時(shí)，奇怪的場(chǎng)景和幻想接二連三的出現(xiàn)在了瞳的夢(mèng)中，這真實(shí)的場(chǎng)面讓瞳感到十分困擾。在一個(gè)神秘聲音的指引之下，瞳來到了異世界蓋亞，現(xiàn)身于龍之鎧甲艾斯嘉科尼之中。原來，瞳的真實(shí)身份是“羽翼之神”，亦是唯一能夠拯救同黑龍族陷入戰(zhàn)爭的蓋亞之所在。肩負(fù)著巨大的壓力，瞳這才感受到生命的沉重，她同龍族的年輕國王邦（關(guān)智一 配音）并肩作戰(zhàn)，誓要保護(hù)蓋亞這片純潔的土地。

這是一個(gè)魔法少女的存在獲得了認(rèn)可的世界。一款名為《魔法少女育成計(jì)劃》的游戲能夠萬里挑一制造出真正的魔法少女，而等待著這些幸運(yùn)女孩們的，將會(huì)是萬人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，運(yùn)營方忽然宣布要將魔法少女的數(shù)量削減一半，而方法，竟然是讓現(xiàn)存的魔法少女進(jìn)行殘酷的競(jìng)賽。天真善良的少女白雪（東山奈央 配音）、外冷內(nèi)熱的忍者波紋（沼倉愛美 配音）、背負(fù)著巨劍的圣少女（佐倉綾音 配音）、騎著掃帚大大咧咧的最高速（內(nèi)山夕實(shí) 配音）、百發(fā)百中的神槍手災(zāi)厄瑪麗（井上喜久子 配音），在這些被吉祥物法布（間宮胡桃 配音）選中的魔法少女們之間，一場(chǎng)大戰(zhàn)即將拉開序幕。