自己的陽(yáng)臺(tái)欄桿上出現(xiàn)了像被單一樣掛在上面的少女，這種非現(xiàn)實(shí)的情節(jié)出現(xiàn)在了上條當(dāng)麻的眼前。雖然在這個(gè)城市——最先進(jìn)科學(xué)引導(dǎo)的學(xué)院都市中，超能力已經(jīng)可以通過(guò)科學(xué)技術(shù)創(chuàng)造出來(lái)，但是眼前這位自稱“茵蒂克絲”的少女還是把上條當(dāng)麻嚇了一條。茵蒂克絲自稱因擁有十萬(wàn)三千本魔導(dǎo)書(shū)而被魔法師追殺，而上條當(dāng)麻靠自己的超能力也認(rèn)定了少女的魔法。少女以危險(xiǎn)為由離開(kāi)上條家，上條如往日一般去學(xué)校學(xué)習(xí)，但放學(xué)回家，卻發(fā)現(xiàn)茵蒂克絲倒在血泊之中。在科學(xué)與魔術(shù)交叉的世界中，上條當(dāng)麻與茵蒂克絲的故事開(kāi)始了。
