奧爾法獸事件過(guò)后，隨著時(shí)間流逝，御臺(tái)場(chǎng)地區(qū)也漸漸復(fù)興著。
　　“回到日本之后，我就決定一定要去大大的澡堂泡澡！”因?yàn)槊烂肋@句話(huà)，加上為了歡迎新加入的伙伴芽心和緬因貓獸，大家前往附近的溫泉主題公園。雖然度過(guò)了一段開(kāi)心的時(shí)光，但是這兒并沒(méi)有阿丈的身影。
　　面對(duì)高考臨近的事實(shí)，他在高考和“被選召的孩子們”的使命之間產(chǎn)生了煩惱?！盀槭裁从直仨毷俏覀?nèi)ッ鎸?duì)??？”
　　這個(gè)時(shí)候，在御臺(tái)場(chǎng)再度出現(xiàn)了感染的數(shù)碼寶貝、這是擁有著高傲靈魂的奧加獸。而看著電視中奧加獸的暴走，美美和巴魯獸決定出擊。“必須要讓人們知道，也有好的數(shù)碼寶貝！”
　　然而，美美和巴魯獸無(wú)視光子郎而參與的戰(zhàn)斗，卻造成了意想不到的結(jié)果。各自懷揣煩惱的阿丈與美美。在月島綜合高中文化祭當(dāng)天，一個(gè)男人出現(xiàn)在了他們面前。
　　如今，冒險(xiǎn)再度進(jìn)化……

　　一個(gè)男人醒來(lái)發(fā)現(xiàn)世界上只剩下他一個(gè)人，于是到處尋找其他的幸存者，弄清到底發(fā)生了什么事。他懷疑自己卷入了一個(gè)政府的研究項(xiàng)目，而這個(gè)項(xiàng)目與其他人失蹤有關(guān)。最后他終于找到幾個(gè)人，當(dāng)他們開(kāi)始信任彼此時(shí)，設(shè)法要知道自己被遺留在這個(gè)世界上的原因。

　　天才科學(xué)家莉蓮和邁克爾發(fā)明了一種能夠記錄和回放他人的實(shí)際經(jīng)歷的系統(tǒng)。進(jìn)入這個(gè)系統(tǒng)意味著你能夠知道他人在想什么和做什么，甚至重復(fù)這種經(jīng)驗(yàn)。于是，有人開(kāi)始利用它進(jìn)行一些匪夷所思的活動(dòng)，甚至連政府也利用它來(lái)獲得軍事上的秘密。然而事情還不僅于此。有人開(kāi)始離奇地死去。邁克爾知道，要想遏止這種失控的局勢(shì)，必須進(jìn)入這種系統(tǒng)中改變進(jìn)行的狀態(tài)，這使他面臨死亡的威脅。邁克爾能否經(jīng)艱苦的努力粉碎陰謀者的企圖呢……

　　尼克用一架飛機(jī)和一架Commodore-64創(chuàng)建了一個(gè)時(shí)間機(jī)器，并在未來(lái)50年將其展示給他的朋友們。尼克把這項(xiàng)技術(shù)賣(mài)給了由J.K.羅伯遜運(yùn)營(yíng)的高科技公司——Gen-Corp，該公司的辦公室位于一個(gè)購(gòu)物中心的閣樓里。然而，羅伯遜卻被證明是邪惡的，他利用時(shí)間機(jī)器來(lái)掠奪未來(lái)。由于他和他的朋友們的生命危險(xiǎn)，尼克需要用他的時(shí)間機(jī)器回到過(guò)去的一周，并說(shuō)服自己不要給羅伯遜做演示。

　　恐怖加拿大北極某個(gè)基地，堵上全部人生去尋找沉船的探險(xiǎn)家羅斯一行，從水中探測(cè)機(jī)器人上捕捉到一個(gè)巨大物體的影像，這就是沉沒(méi)在水下92米的史上最有名的一艘沉船，在沉船上，發(fā)現(xiàn)了被凍住的尸體，也知道了200年前墜落地球的隕石出現(xiàn)的外星人之謎。這個(gè)時(shí)候，人員連接被凍死，在面對(duì)接連的意外的時(shí)候，羅斯他們?cè)撊绾芜x擇，阻止外星人的入侵，拯救全人類(lèi)……